自考档案丢失后，应尽快与毕业院校取得联系。由于自考档案由主考院校发放，若毕业院校无法协助补办，可进一步联系当地省自考办。
需向毕业院校提交档案补办申请书。院校在收到申请书后，会开具带有公章的档案遗失证明。
持该遗失证明前往相关资料开具部门，申请打印或复印档案内的资料文献。资料备齐后，须加盖相应开具部门的公章方可生效。
随后，将补办好的全部资料提交至毕业院校审核。审核通过后，院校工作人员会将所有资料装入新的自考学籍档案袋，重新密封后转至合法接收部门。
至此，自考档案补办流程完成。通常，档案补办完毕后需转入合法接收部门，该部门可为本人户籍所在地的人才市场、工作单位户籍所在地的人才市场;若工作单位具备人事管理权，亦可将档案转入该单位。
