根据我国相关规定，如果个人的档案一直由自己保管，而非存放在档案管理部门，那么在办理退休时将面临困难。这是因为退休人员的档案必须从官方指定的部门调取，个人提交的档案不符合法律程序，尤其是那些长时间保存在自己手中的档案，已失去原有的法律效力，因此无法正常使用，也无法顺利办理退休手续。
那么，档案在自己手中时该如何处理呢?如果您发现档案一直未能妥善管理，导致无法办理退休，不必惊慌。我们建议您前往所属地区的档案管理部门进行咨询。
通常情况下，退休人员的档案或在职工作人员的档案应存放在其工作单位或人才市场。您可以向工作单位或人才市场询问档案的具体情况。如果您尚未退休，档案应当仍在工作单位，您可以询问是否有档案备份，并将备份档案调至办理退休的相关部门。如果您已经离开工作单位多年，档案一般会存放在人才交流中心或社会保障部门。这时，您需要前往相应部门查询。如果这些部门没有保存您的档案或备份，您将需要联系原工作单位进行档案的补办。
需要注意的是，档案的补办过程通常比较漫长，尤其是如果您的工作经历较为复杂，曾在多个单位工作，那么在办理退休时，您也需要到每个曾就职单位进行档案资料的补办。
