首先，所需的两份档案均须保持密封状态。常规情况下，学历档案多为高中档案，部分学生则为初中档案，此类档案一般存放在当地教育局。自考个人档案通常为 “考生登记表”。档案托管手续须在工作所在地或户籍所在地的人才交流中心、人才市场办理。
其次，各地人才交流中心、人才市场均设有专门的档案管理部门。建议向相关工作人员详细咨询档案管理细则，并将档案妥善保管于上述机构。自考档案与中学阶段档案合并存放的操作，专业术语称为 “合档”，该流程须由专门档案管理部门办理，严禁个人自行操作。此外，若自考档案需密封，须由自考办的教育考试院(通常为市级单位)执行，且密封前须经过严格审验，审验合格后方可密封。若档案仍留存于原就读高中学校，可将自考档案提交至该校档案管理部门，向专职档案管理人员咨询相关流程后，完成两份档案的合并存放工作。
