通常情况下，毕业生档案会直接寄送至户籍所在地的人才交流中心或市人力资源和社会保障局。不过，部分学校会向毕业生直接发放档案文件，自考院校便包含在内。无论档案以何种形式存在，均需妥善保管。对于此类直接发放给个人的学籍档案，应存放于相应的人才交流中心。
若毕业生毕业后进入事业单位工作，由于此类单位具备档案管理权，可将档案转入所在单位，与人事档案进行合并。
然而，许多考生毕业后，或未找到工作，或入职的单位不具备档案管理权限(如私人企业)。对于这两种情况，档案需转入人才交流中心进行保管。
可将自考档案与此前全日制教育阶段的高中档案合并后，存入相应的人才交流中心，此时学籍档案所记载的最高学历即为自考学历。
若此前全日制教育阶段的毕业档案仍存放在原学校，而非寄存在人才交流中心，则需先到原学校办理档案转出手续，将全日制学历毕业档案托管至人才交流中心，再携带相关证件资料前往人才交流中心办理自考档案的合并手续。
